Nachdem die Spanier Cordoba 1236 von den Mauren zurückerobert hatten, wurde das Gebäude als christliche Kirche genutzt. In den folgenden 300 Jahren erfolgten nur kleinere Umbauten, den Christen gefiel es, die prächtige Moschee und den großen Gebetsraum, für Gottesdienste zu nutzen.
Erst im Jahre 1523 begann der der Bischof Don Alonso Manrique, mit dem letzten und umfangreichsten Umbau der Mezquita, dessen architektonische Spuren bis heute zu sehen sind. Die inneren Säulen wurden völlig herausgerissen und in den entstandenen Freiraum eine Kathedrale gebaut: Im Grundriss in Form eines lat. Kreuzes mitten im Kernstück eines ehemaligen islam. Gotteshauses war von jeher Anlass für Polemiken…
Zwar hatte der Senat von Cordoba gegen diesen Umbau der Mezquita erheblichen Widerstand geleistet, konnte die Maßnahme, die von Heinrich dem V. unterstützt wurde letztendlich nicht verhindern. Der endgültige Umbau der Kathedrale dauerte bis ins 1700 Jahrhundert.
